| 秘书处（挂机关党委办公室牌子）主要职能 |
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负责承担文电、会务、机要、档案、保密、信访、政务公开、重要文稿起草、财务、固定资产管理、行政接待、保卫，以及党务、纪检、监察、机构编制、人事、社会保险、工青妇、计划生育、离退休人员服务等工作。
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| 陆路口岸一处主要职能 |
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协调陆路口岸（不含深圳湾口岸）日常运作；承办陆路口岸查验单位定编、增编的审查报批；协调深港直通车巴士临时加班的通关工作；监管陆路口岸物业管理，组织协调环境综合治理、消防安全和共建文明口岸活动。
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| 陆路口岸二处主要职能 |
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协调深圳湾口岸日常运作；承担该口岸现场监管及口岸区内设施养护监管工作；参与深圳湾口岸的配套设施建设规划工作；承担深圳湾口岸与港方口岸的联络协调工作；组织协调环境综合治理、消防安全和共建文明口岸活动。
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| 特管线处主要职能 |
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协调特区陆地管理线检查站工作；承办特区管理线自管口、临时口的开设和巡逻路、隔离铁丝网局部改移的报批工作；承办特区管理线查验单位定编、增编的审核报批工作；组织协调有关环境综合治理、消防安全文明共建工作。
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| 信息处主要职能 |
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提出口岸基本建设和改造计划，参与口岸建设的协调和监督；承担口岸信息化和机关办公自动化的技术管理工作；指导和协调口岸查验单位信息化建设工作。
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| 海空港口岸处主要职能 |
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协调海、空港口岸日常运作；承办查验单位新增人员的审查报批工作；协调来往深港澳之间客运船舶和国际航班临时加班的通关工作；协调深港机场轨道联络线的工作；组织协调共建文明口岸活动。
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