| 秘书处（挂机关党委办公室牌子）主要职能 |
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负责口岸的综合调研，起草或审核各类文件，并承担口岸宣传工作；负责会议会务工作；负责决定事项和领导批示的督办工作；负责机关的综合协调、保密、信访、机要和档案及办公自动化等日常事务管理；负责组织纪检、劳动人事、老干、工青妇、计划生育工作；承办机关党委的日常工作；负责管理财政下拨的各项经费；负责机关车队、招待所及固定资产、办公设备、各种机械设备的管理；负责接待以及保卫、消防等工作。
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| 陆路口岸一处主要职能 |
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管理和协调陆路口岸（含铁路口岸）的工作；承办陆路口岸查验单位定、增编人员的审核工作；掌握和督促检查陆路口岸（含铁路口岸）查验单位的查验情况，及时反映陆路口岸管理的重大问题并提出解决办法；受理对查验单位的投诉；负责香港与内地直通巴士临时加班的审核工作；负责陆路口岸物业管理的执法工作；参与陆路口岸的规划，并对陆路口岸的改造、维护及新建口岸的功能设置等提出意见；组织协调陆路口岸的环境综合治理、消防安全生产及精神文明建设。
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| 陆路口岸二处主要职能 |
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负责监控深圳湾口岸通关情况及大桥、接线的通行状况；负责深圳湾口岸的现场监管及口岸区内设施监养工作；制定各项应急预案；协调查验单位、市政府相关部门以及香港方面处理西部通道的突发事件；组织协调政府相关部门维护和稳定西部通道的公共秩序和安全等。
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| 特管线处主要职能 |
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指导和协调特区陆地管理各线检查站工作，管理特区管理线的隔离线、巡逻路、人行便道口、执勤岗楼及通信设施的建设和隔离设施的维护改造工作；负责特区管理线检查站、人行便道口开通、关闭和特区管理线局部移改的报批工作；负责特区管理线通道检查站物业管理的执法工作；负责特区管理线查验单位定、增编人员的审核工作；掌握和督促检查特区管理线各查验单位的查验情况，及时反映特区管理线管理的重大问题并提出解决办法；受理对查验单位的投诉，组织协调特区管理线各检查站环境综合治理、消防安全生产及精神文明建设。
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| 信息处主要职能 |
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负责提出口岸规划和基本建设、改造、完善实施计划，参与口岸建设的组织实施及监督管理工作；负责口岸信息化和机关办公自动化的技术管理工作；指导和协调口岸查验单位信息化建设工作。
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| 海空港口岸处主要职能 |
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管理和协调海港口岸、空港口岸和二类口岸的工作；承办海港口岸、空港口岸和二类口岸新口岸对外开放，老口岸增加泊位和航线，查验单位新（增）编人员的审核工作；掌握和督促检查海港口岸、空港口岸和二类口岸查验单位的查验情况，及时反映海港口岸、空港口岸和二类口岸管理的重大问题并提出解决办法；受理对查验单位的投诉；承担来往深圳港与港澳之间客运船舶航班节假日加班的审核工作；协调国际航班及加班、专机、包机和外航飞机在深圳机场起降；组织协调海港口岸、空港口岸和二类口岸精神文明建设。
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