市口岸办是主管全市口岸日常运作协调、管理、监督及处理口岸涉外相关业务工作的市政府直属机构，其主要职责

(一) 贯彻执行国家、省、市有关口岸工作的法律、法规和政策；起草相关地方性法规、规章，拟订有关发展规划和政策，经批准后组织实施。

(二) 承办一、二类口岸开放或关闭的报批工作并组织落实。

(三) 承担口岸“大通关”协调服务工作，配合推进口岸查验方式和监管模式改革。

(四) 负责协调落实来往深港澳之间的客运船舶、直通巴士和国际航班临时加班的口岸通关事项。

(五) 负责特区管理线自管口、临时口开设以及巡逻路、隔离铁丝网局部改移的报批工作。

(六) 承担协调维护口岸公共秩序和安全的责任，配合有关部门开展口岸反恐和应急工作。

(七) 负责陆路口岸、特区管理线检查站物业的管理，确保国有资产合理使用。

(八) 根据市政府的授权，组织实施深港口岸合作。

(九) 承办市政府和上级部门交办的其他事项。