市口岸办是主管全市口岸日常运作协调、管理、监督及处理口岸涉外相关业务工作的市政府直属机构，其主要职责

(一) 贯彻执行党中央、国务院有关口岸工作的法规、方针、政策和市委、市政府有关口岸工作的决定，并根据实际情况拟定实施措施，对全市口岸实行规范化管理。

(二) 负责提出全市口岸和特区管理线发展规划以及年度建设、改造和完善设施计划与信息化工作，经批准后会同或协助有关部门组织实施。

(三) 按照国家关于口岸开放的各项政策规定，负责全市一、二类口岸开放或关闭的审核、报批工作，并组织落实。

(四) 负责来往深圳港与港澳之间客运船舶节假日加班和香港与内地直通巴士临时加班的审核工作；负责特区管理线自管口、临时口的开设和巡逻、隔离铁丝网局部改移的报批工作。

(五) 负责管理和协调本市海、陆、空口岸，特区管理线及检查站工作；协调口岸各单位之间的矛盾和纠纷。

(六) 督促检查驻深口岸查验单位履行职责，按各自的职能和规定对入出境人员、交通工具、货物和行李物品进行监督管理以及检查、检验和检疫。

(七) 督促口岸各单位对干部、职工、干警进行涉外政策、纪律的宣传教育，并配合有关部门查处口岸重大涉外问题和严重违反纪律的案件。

(八) 负责陆路口岸和特区管理线检查站安全生产的管理、检查、监督工作。

(九) 负责组织和协调口岸检查检验、管理、服务单位及市直有关部门对口岸、检查站实行综合治理，整顿口岸秩序，防止和处理突发事件。

(十) 负责全市口岸和特区管理线检查站区域内建设项目及设施设备使用的审核工作；监管陆路口岸和特区管理线通道检查站物业。

(十一) 根据市政府授权，负责深港口岸合作工作的组织实施，并负责与港方进行会晤和技术性谈判。

(十二) 建立完善与企业对话沟通制度，提供高效优质服务。

(十三) 承办市委、市政府及上级领导部门交办的其他事项。